Données SNP

Les 13,461 variations de séquences géniques (SNP, single nucleotide polymorphisms) chez l’épinette blanche (Picea glauca) décrits dans deux articles de Pavy et collaborateurs publiés en 2013 (BMC Biology 10:184 (27p.) et Ressources Molecular Ecology 13 (2): 324 -336) sont maintenant disponibles dans le Single Nucleotide Polymorphism Database du National Center for Biotechnology Information (NCBI). Les méthodes de détection des SNP et les résultats de génotypage sont décrits dans les publications.

Un atlas de 212 765 SNP de haute confiance

Les SNP ont été détectés parmi les séquences de plusieurs milliers de gènes exprimés en utilisant le logiciel Varscan. Des séquences de nouvelle génération ont été alignées sur le catalogue des gènes de l'épinette blanche (GCAT) en utilisant le logiciel Mosaik. Les SNP ayant une fréquence allélique faible MAF<0,01 ont été rejetés. La précision de la détection des SNP a été vérifiée à partir d’un grand jeu de données de génotypage, montrant le haut niveau de confiance des SNPs de l’atlas. Ces SNP sont également disponibles dans le Single Nucleotide Polymorphism Database du NCBI.

Téléchargements

Polymorphe_SNPs genotyped_infinium
Polymorphe_SNPs_genotyped_ GoldenGate
SNPs_atlas_Pavy2013