Voici une description des biopuces sur mesure développées dans le cadre des projets Arborea II et SMarTForests ainsi qu'une brève description des expériences dans lesquelles elles ont été utilisées.

Biopuce d'expression Description Accession Plateforme Publication
Spruce11k cDNA microarray ADN complémentaire déposé sur lame de verre. 10 400 séquences non-redondantes imprimées en double, côte-à-côte.  GPL10754 GEO Pavy et al. 2008
Spruce32k Oligo microarray Oligonucléotides déposés sur lame de verre, 70 pb. 31 604 sondes spécifiques épinette blanche et sitka. GPL15033 GEO Raherison et al. 2012

 

Expériences avec biopuces d'expression

Titre Format de puce Accession Plateforme Publication
Analyse de la récalcitrance à l'induction de l'embryogénèse somatique, bourgeons apicaux, arbres adultes, P. glauca Spruce32k GSE46977 GEO Rutledge et al. 2013
Évaluation de l'expression différentielle dans le transcriptome des tissus vasculaires de 3 espèces de Picea Spruce32k GSE35922 GEO Raherison et al. 2012
Expérience de comparaison interspécifique chez les Pinaceae (7 espèces) Spruce32k GSE35847 GEO Raherison et al. 2012
La base de données de profils transcriptionnels PiceaGenExpress (8 tissus) Spruce32k GSE35624 GEO Raherison et al. 2012
Mesure directe de l'héritabilité de l'expression des gènes chez des individus de populations sauvages Spruce32k GSE35337 GEO Verta et al. 2013
Analyse comparative du transcriptome du xylème et du phloème de l'épinette blanche Spruce11k E-MEXP-1489 ArrayExpress Pavy et al. 2008
Étapes de la formation du bourgeon apical au niveau moléculaire chez l'épinette blanche Spruce11k GSE23519 GEO El Kayal et al. 2011
Analyse intégrée du transcriptome et du protéome de tiges de l'épinette blanche pendant la transition entre la croissance active et la dormance Spruce11k GSE31090 GEO Galindo González et al. 2012

RNAseq l'expression des gènes

RNASeq Description Accession Plateforme Publication
Bark Bark tissue from PG29 was extracted for total RNA and sequenced SRX318118 Illumina Hi Seq Warren et al. 2015
Flushing Bud Flushing bud needles from PG29 were extracted for total RNA and sequenced SRX318119 Illumina Hi Seq Warren et al. 2015
Mature Needle Mature needles from PG29 were extracted for total RNA and sequenced SRX318120 Illumina Hi Seq Warren et al. 2015
Xylem Xylem tissues from PG29 were extracted for total RNA and sequenced SRX318121 Illumina Hi Seq Warren et al. 2015
Young buds Young buds from PG29 were extracted for total RNA and sequenced SRX318122 Illumina Hi Seq Warren et al. 2015
Seedling Seedlings from PG29 were extracted for total RNA and sequenced SRX318123 Illumina Hi Seq Warren et al. 2015
Embryo Embryos from PG29 were extracted for total RNA and sequenced SRX318124 Illumina Hi Seq Warren et al. 2015
Megagaemtophytes Megagametophytes from PG29 were extracted for total RNA and sequenced SRX318125 Illumina Hi Seq Warren et al. 2015